Фармацевтика и НДС-льготы при проверке

Какие НДС-льготы применяет фармацевтика и почему они под контролем ФНС

Фармацевтические компании применяют освобождение от НДС по подпункту 4 пункта 2 статьи 149 НК РФ: реализация лекарственных препаратов, включённых в перечень жизненно необходимых и важнейших лекарственных препаратов (ЖНВЛП), не облагается НДС. Это освобождение не является выбором — оно обязательное. Отказаться от него нельзя, что принципиально отличает данную льготу от тех, что предусмотрены пунктом 3 той же статьи.

Параллельно медицинские изделия с действующим регистрационным удостоверением освобождены от налога по подпункту 1 того же пункта. Ветеринарные препараты, БАДы и косметика под льготу не подпадают — они облагаются по стандартной ставке. Именно граница между этими категориями становится первичным предметом спора при проверке: ИФНС анализирует, правомерно ли компания отнесла конкретную номенклатуру к льготной.

АСК НДС-2 отслеживает цепочку НДС по каждой счёт-фактуре. Если поставщик субстанций или упаковки предъявил НДС, а покупатель — фармпроизводитель — принял его к вычету, не ведя раздельного учёта, система фиксирует расхождение немедленно. Налоговый разрыв по НДС в России в 2024 году составил менее 0,6% — АСК НДС-2 работает практически без слепых зон. Актуально на 1 января 2026 года.

Как ИФНС проверяет обоснованность льготы при ВНП в фармацевтике?

При выездной налоговой проверке по статье 89 НК РФ инспекция проверяет три блока. Первый — документальное подтверждение права на льготу: наличие регистрационного удостоверения на каждый препарат, соответствие торгового наименования перечню ЖНВЛП, актуальность удостоверения на дату реализации. Если препарат исключён из перечня в середине квартала, льгота утрачивается с даты исключения — не с начала квартала. Это создаёт риск доначислений за «переходный» период.

Второй блок — реальность поставщиков субстанций и вспомогательных материалов. Инспекция проверяет производственную цепочку: кто фактически поставил активное вещество, есть ли у поставщика необходимые лицензии, совпадают ли объёмы в документах с производственным журналом и данными Росздравнадзора. Технические компании в цепочке поставок субстанций — классический сигнал для отказа в вычете по статье 54.1 НК РФ: основная цель сделки должна быть коммерческой, а обязательство должно исполнить то лицо, которое указано в договоре.

Третий блок — раздельный учёт при смешанной деятельности. Если компания производит и ЖНВЛП, и облагаемую продукцию, входной НДС по общехозяйственным расходам распределяется пропорционально выручке. Нарушение методики распределения даёт ИФНС право снять весь входной НДС по расходам, где учёт не разделён. Штраф по статье 122 НК РФ за умысел составляет 40% от суммы доначислений — и при ВНП в фармацевтике умысел ИФНС нередко заявляет, опираясь на системность нарушений раздельного учёта.

Налоговая реконструкция в фармацевтике: когда ИФНС обязана учесть реальные расходы

Если в ходе ВНП инспекция признала поставщика субстанций технической компанией, но факт поставки не оспаривает — у финансового директора есть инструмент защиты. Письмо ФНС от 10.03.2021 № БВ-4-7/3060@ закрепило обязанность инспекции провести налоговую реконструкцию: определить реальный размер налогового обязательства с учётом фактически понесённых расходов. Обзор ВС РФ от 13.12.2023 подтвердил этот подход в пункте 13: доначисление не может превышать сумму, которую налогоплательщик сэкономил в результате использования «схемы».

Для получения реконструкции необходимо выполнить два условия. Первое — раскрыть реального исполнителя: назвать производителя субстанции или фактического перевозчика, подтвердить это первичными документами. Второе — представить доказательства рыночности цены: прайс-листы реального поставщика, данные о биржевых котировках субстанции, отчёты об оценке. Без этого реконструкция не работает — ИФНС доначислит полную сумму.

• Регистрационные удостоверения на каждый льготный препарат с датами выдачи и переоформления
• Политика раздельного учёта НДС с методикой распределения входного налога
• Производственные журналы и данные Росздравнадзора по партиям субстанций
• Первичные документы по реальным поставщикам (договоры, товарные накладные, ТТН)
• Доказательства рыночности цен по ключевым субстанциям

Дробление бизнеса в фармацевтике: аптечные сети и амнистия по ФЗ-176

Типичная структура фармацевтической группы — производитель на общей системе и аффилированная дистрибьюторская или аптечная сеть на УСН. Если ИФНС докажет, что разделение искусственное: единый бенефициар, общий персонал, общая IT-инфраструктура, пересечение клиентских баз — вся выручка группы консолидируется на производителе, а «упрощённый» налог в зачёт не идёт в полном объёме. Письмо ФНС от 16.07.2024 № БВ-4-7/8051@ систематизировало признаки дробления, использованные судами: к фармацевтике наиболее применимы признаки единого контроля и искусственного удержания выручки ниже лимита УСН.

ФЗ-176 от 12.07.2024 предоставляет амнистию по доначислениям за 2022–2024 годы при условии добровольного отказа от дробления в 2025–2026 годах. Для аптечных сетей это означает реальное объединение: единый кассовый учёт, единый трудовой договор с персоналом, единый договор поставки. Формальная реорганизация без фактического объединения не даёт права на амнистию — ИФНС оценивает содержание, а не форму.

Обзор ВС РФ от 13.12.2023 зафиксировал в пункте 14 обязанность налогового органа зачесть налоги, уже уплаченные участниками группы в рамках спецрежимов, при консолидации доначислений. Это снижает итоговую сумму, но не отменяет штраф за умысел — если ИФНС его докажет.

Три сценария ВНП в фармацевтике для финансового директора

Сценарий 1. Финдир с правом второй подписи — подписывал декларации с льготными операциями

Ситуация: финансовый директор подписывал декларации по НДС, в которых отражены льготные операции по статье 149 НК РФ и вычеты по облагаемым. ИФНС в ходе ВНП установила, что раздельный учёт не велся: входной НДС по общехозяйственным расходам принимался к вычету в полном объёме. Ключевые доказательства ИФНС — регистры бухгалтерского учёта, декларации, показания главного бухгалтера. Вероятный исход без защиты: доначисление НДС, штраф 20–40% от суммы, статус «второго фигуранта» при возбуждении дела по статье 199 УК РФ. Стратегия: восстановить раздельный учёт ретроспективно на основании первичных документов, подготовить возражения с экономическим обоснованием методики распределения.

Сценарий 2. Финдир без права подписи — согласовывал схему с техническими поставщиками

Ситуация: финансовый директор согласовывал условия договоров с поставщиками субстанций, которых ИФНС квалифицировала как технические компании. Подписи на декларациях нет — но есть внутренняя переписка, служебные записки, протоколы тендерного комитета. Ключевые доказательства ИФНС — данные из корпоративной почты, полученные при выемке по статье 94 НК РФ. Вероятный исход: участие в допросах как свидетеля с потенциальным переходом в статус подозреваемого. Стратегия: до допроса согласовать показания с юристами, задокументировать деловую цель сделок, подготовить доказательную базу по реальности поставщиков.

Сценарий 3. Финдир нового владельца — принял компанию с накопленными рисками

Ситуация: финансовый директор назначен после смены собственника. ВНП охватывает период предыдущего менеджмента — три года до года назначения проверки по статье 89 НК РФ. Компания применяла льготы по НДС, но документация не систематизирована. Вероятный исход: доначисления на 40–90 млн рублей за предыдущий период, при этом ИФНС запросит объяснения у действующего финдира. Стратегия: немедленный налоговый аудит унаследованных рисков, формирование позиции о добросовестности нового менеджмента, взаимодействие с ИФНС через представителей.

Практика: как апелляция снизила штраф с 40% до 20% в деле фармпроизводителя